En annen unik del er håndkontrollerne, som kalles Joy-Con. Disse er plassert på hver side av Nintendo Switch. Kontrollene kan tas av fra konsollen og lar to spille samtidig, og de er enkle å fjerne og sette tilbake. De kan også monteres i Joy-Con Grip for å fungere som én stor kontroller. I tillegg til Joy-Cons er Nintendo Switch Pro Controller (selges separat) en alternativ trådløs kontroller som for ganske mange vil ligge litt bedre i hånda enn Joy-Cons eller Joy-Cons montert Grip.